?典型的傳統細菌計數方法兩大不足之處
典型的傳統細菌計數方法主要有平板計數法和最大或然計數法(MPN法)等等，這些方法均在固體或液體培養基中對待測菌種進行培養，然后根據培養后顯現出的宏觀結果(例如菌落密度(平板計數法)、液體培養基的顯色情況(MPN法))來判斷原始樣品中的活菌濃度。這些方法普遍存在以下兩個最主要的不足之處。
(1)培養時間長。細菌對培養基的適應以及細菌的生長繁殖都需要一定的時間，所以產生可觀測到的結果需要較長的時間，通常在24 h以上甚至一周左右。
(2)培養條件對結果影響大。傳統方法中，培養基的營養成分、培養溫度、培養時間等對檢測結果都有很大的影響，一種培養基往往僅能檢測出一種或數種能夠在該培養基中生存的細菌的數目，這只占實際細菌數量的極少部分，例如通常的平板計數只能檢測到水中細菌數目的0.1%～10%，從而大大影響了結果的準確性。表1給出了應用平板計數法對各類水樣中的細菌進行計數時，所能檢測到的細菌數占實際細菌數的比例。
傳統活菌計數方法的上述缺點，在很大程度上限制了其在環境微生物學中的應用范圍。另外，水樣中的細菌種類繁多，不可能也沒有必要在任何情況下都分門別類地對各種細菌都單獨培養計數。而且，在實際情況下，一個有限范圍內的各種細菌之間不可避免地發生著相互作用，水體的宏觀微生物學特性是它們共同作用的結果。而所有的傳統技術在培養過程中都將細菌置于偏離它們原來的小環境的、新的人為的操縱條件下，使其形成與原來并不完全相同的群落結構，甚至引起細菌偏離在自然狀況下的生理習性，從而不能反映出它們的實際生長情況。因此，通過任何傳統活菌計數技術都不能全面客觀地認識水體微生物特性。